Incubateur portable pour quantifier des bactéries

 

Dans cet article, Wight et ses collègues proposent un incubateur portable pour la quantification de bactéries.

La réalisation d'analyses microbiologiques sur des échantillons environnementaux sur le terrain pose des problèmes logistiques, qu'il s'agisse de la disponibilité d'équipements adaptés ou de la capacité à acheminer les échantillons au laboratoire en temps voulu. Par exemple, la viabilité de certaines bactéries peut fortement diminuer entre l'échantillonnage et l'arrivée au laboratoire pour le traitement.

Les auteurs ont mis au point et construit des incubateurs portables robustes, fiables et rentables qui ont été utilisés par dix équipes de terrain indépendantes pour effectuer des analyses microbiologiques sur des échantillons d'eau de surface provenant de lacs de tout le Canada. 

Des tests rigoureux et la validation des incubateurs ont permis de s'assurer que les conditions d'incubation étaient cohérentes au sein des 10 équipes de terrain et pour les deux années d'échantillonnage. Les échantillons de tous les sites ont été traités en double et les dénombrements bactériens étaient hautement répétables au sein des équipes d'échantillonnage et entre elles. 

Les comptages bactériens se sont également avérés statistiquement équivalents aux comptages obtenus avec des techniques de laboratoire standard utilisant un incubateur conventionnel. Grâce à cette méthode, les coliformes thermotolérants (TTC) et Escherichia coli ont été quantifiés dans 432 lacs, ce qui permet une comparaison avec les ensembles de données historiques qui reposaient sur les TTC et ceux qui suivent les directives actuelles qui utilisent les comptages d'E. coli. Ils ont trouvé des charges plus élevées sur le rivage qu'au milieu des lacs et des modèles différents entre les écozones. E. coli n'a pas été fréquemment détecté, mais de nombreux lacs dépassaient les valeurs recommandées par le Canada pour des activités telles que la natation et certains dépassaient même la valeur recommandée pour des activités récréatives secondaires telles que la navigation de plaisance. 

La conception de cet incubateur peut être facilement adaptée à une grande variété d'objectifs de recherche et représente une plateforme robuste pour les études sur le terrain et d'autres applications, y compris dans des environnements éloignés ou à faibles ressources.

Références :

Microbiology in the Field: Construction and Validation of a Portable Incubator for Real-Time Quantification of Coliforms and Other Bacteria. Wight Jordan, Varin Marie-Pierre, Robertson Gregory J., Huot Yannick, Lang Andrew S. Frontiers in Public Health, Vol 8, 2020. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpubh.2020.607997? DOI : 10.3389/fpubh.2020.607997    

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